Visi dan misi Badan Pengelola Perbatasan Daerah merujuk kepada visi dan misi Gubernur Nusa Tenggara Timur, yaitu:

Visi

NTT Maju, Sehat, Cerdas, Sejahtera, dan Berkelanjutan

Misi

1. Memastikan infrastruktur berkelanjutan demi mewujudkan ekonomi berbasis potensi daerah yang berdaya saing (MAJU);
2. Memperluas pelayanan kesehatan dan jaminan sosial yang lebih inklusif, terjangkau, dan mudah diakses (SEHAT);
3. Menghadirkan pendidikan berkualitas yang merata, partisipatif, dan tepat sasaran (CERDAS);
4. Mewujudkan kesejahteraan sosial, kesetaraan akses, serta kualitas hidup yang berkeadilan dan madani bagi seluruh lapisan masyarakat (SEJAHTERA);
5. Mewujudkan pembangunan berkelanjutan melalui pengelolaan sumber daya alam dan manusia yang bijak serta pemenuhan HAM untuk menciptakan masa depan yang inklusif (BERKELANJUTAN).