Visi dan misi Badan Pengelola Perbatasan Daerah merujuk kepada visi dan misi Gubernur Nusa Tenggara Timur, yaitu:

Visi

NTT Bangkit Mewujudkan Masyarakat Sejahtera Dalam Bingkai Negara Kesatuan Republik Indonesia.

Misi

1. Mewujudkan masyarakat sejahtera, mandiri dan adil;
2. Membangun NTT sebagai salah satu gerbang dan pusat pengembangan pariwisata nasional (ring of beauty);
3. Meningkatkan ketersediaan dan kualitas infrastruktur untuk mempercepat pembangunan;
4. Meningkatkan kualitas sumber daya manusia;
5. Mewujudkan reformasi birokrasi pemerintahan untuk meningkatkan kualitas pelayanan publik.