Visi dan misi Badan Pengelola Perbatasan Daerah merujuk kepada visi dan misi Gubernur Nusa Tenggara Timur, yaitu:

Visi

Nusa Tenggara Timur mandiri, maju dan berkelanjutan guna mewujudkan Indonesia Emas 2045

Misi

1. Membangun sumber daya manusia yang berdaya saing dan terlindungi hak dasarnya;
2. Membangun ekonomi NTT yang maju dan berdaya saing berbasis ekonomi hijau dan ekonomi biru;
3. Mengembangkan tata kelola pemerintahan yang akuntabel, berintegritas, inovatif, dan adaptif;
4. Meningkatkan supremasi hukum yang menjamin keadilan, kepastian, stabilitas ekonomi dan demokrasi;
5. Mewujudkan pembangunan yang inklusif dan berketahanan sosial budaya dan ekologi;
6. Mewujudkan pembangunan kewilayahan yang merata dan berkeadilan;
7. Mewujudkan pembangunan sarana dan prasarana yang berkualitas dan ramah lingkungan;
8. Mewujudkan kesinambungan pembangunan daerah.