Berdasarkan Peraturan Gubernur Nusa Tenggara Timur Nomor 101 Tahun 2023 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Badan Pengelola Perbatasan Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur, tugas BPPD Provinsi NTT adalah menetapkan kebijakan program pembangunan perbatasan, menetapkan rencana kebutuhan anggaran, mengoordinasikan pelaksanaan dan melaksanakan evaluasi dan pengawasan terhadap pengelolaan batas wilayah negara dan kawasan perbatasan. Untuk melaksanakan tugas tersebut, BPPD Provinsi NTT menyelenggarakan fungsi:

1. Penyusunan rencana aksi pembangunan kawasan perbatasan;
2. Penyusunan program dan anggaran pembangunan kawasan perbatasan sesuai dengan skala prioritas;
3. Pengoordinasian pelaksanaan pembangunan dan pemanfaatan kawasan perbatasan;
4. Pelaksanaan fasilitasi penegasan, pemeliharaan, dan pengamanan batas wilayah negara;
5. Penginventarisasian potensi sumber daya untuk pengusulan penetapan zona pengembangan ekonomi, sosial budaya, lingkungan hidup dan zona lainnya di kawasan perbatasan;
6. Pelaksanaan pengendalian dan pengawasan serta evaluasi dan pelaporan pelaksanaan pembangunan kawasan perbatasan;
7. Pelaksanaan administrasi kesekretariatan BPPD; dan
8. Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Gubernur.

Tugas dan Fungsi BPPD Provinsi NTT secara lebih konkret dijabarkan lagi melalui peran BPPD itu sendiri. Peran BPPD dapat dibagi menjadi 3 (tiga) yang saling terkait, yaitu peran sebagai (1) lembaga koordinasi pembangunan kawasan perbatasan negara, (2) lembaga pengintegrasian pembangunan kawasan perbatasan negara; dan (3) sinkronisasi pembangunan kawasan perbatasan negara. Ketiga peran tersebut diuraikan dalam pelaksanaan berbagai kegiatan strategis.

Sebagai lembaga koordinasi, BPPD Provinsi NTT dapat melakukan upaya sinkron dan teratur demi menyediakan jumlah serta waktu yang tepat dan juga mengarahkan pelaksanaan untuk bisa melahirkan suatu tindakan yang selaras dan harmonis pada tujuan yang sudah ditentukan. Sebagai lembaga yang melakukan pengintegrasian pembangunan kawasan perbatasan negara, BPPD diharapkan dapat menyatukan berbagai program pembangunan kawasan perbatasan negara. Sebagai lembaga yang mensikronisasi pembangunan kawasan perbatasan negara BPPD Provinsi NTT diharapkan menyatukan proses secara bersama-sama dan saling berbagi data bersama untuk menghindari terjadinya inkonsistensi data pembangunan kawasan perbatasan.